cron自体が何かについては、Wikipediaなどでお調べください。
毎時0分、3分、6分、9分、12分、15分……57分に動作させる場合は、以下のように設定します。
0-59/3 * * * *
毎時1分、4分、7分、10分、13分、16分……58分に動作させる場合には、以下のように設定します。
1-58/3 * * * *
当botは同一サーバでホストしているので、サーバに一度に負荷がかからないように、上記のように1分ずらして実行させています。かけあい重視のbot同士の設定にも使えるかもしれません。